Het doordringend en veelomvattend intellect van Porphyrius bloeide op in de Atheense sfeer, die nog zinderde van herinneringen aan de vroegere tijd van filosofische en literaire reuzen. Toch vond hij op den duur de latere Academie saai en ongeïnspireerd: de gedetailleerde uitlegging van de teksten had de oorspronkelijke platonische regel, het wijsgerig leven in de dagelijkse praktijk toe te passen, verduisterd. De leringen van Diotima, de betekenis van de Allegorie van de grot en van de Mythe van Er waren reeds vergeten.

Toen hij dertig was bezocht Porphyrius Rome en daar leerde hij leden uit de school van Plotinus kennen, met name de toegewijde Amelius van Toscane. Het genie van Plotinus en zijn onberispelijk filosofisch karakter spraken Porphyrius onmiddellijk aan, maar zijn intellectuele eerlijkheid deed hem de leringen van Plotinus op verscheidene punten in twijfel trekken. In tegenstelling tot de toen gangbare interpretaties van Plato stelde Plotinus dat het Ene boven het Zijn staat en niet, zoals men volgens de conventies meende, dat het er identiek mee was. Verder hield deze mening ook in dat het Intellect of de Goddelijke Gedachte – de tweede hypostase van Plotinus - in zekere zin met haar objecten één is.

Zoals allen die het geestelijke pad volgen, heeft ook Porphyrius zich bevonden op de rand van de afgrond, waarin alle betekenis verloren schijnt, de wereld als een ondraaglijke last overkomt en het rijk van de geest een leegte is. Op een avond, toen Porphyrius op het punt stond zelfmoord te plegen, verscheen Plotinus, die de ellendige toestand van zijn leerling had aangevoeld; hij beval hem naar Sicilië te gaan om tot rust te komen.

Eenmaal los uit de intensiteit van de sfeer rond Plotinus herwon Porphyrius zijn beslissingskracht en zijn vooruitzichten, en Plotinus zette zijn onderricht voort door hem nog negen verhandelingen te sturen. De fysieke scheiding werd aldus vergezeld door een geestelijke hereniging met het denken en voelen van de leraar. Maar later betreurde Porphyrius ten zeerste dat hij bij de dood van Plotinus afwezig was geweest.

Daar Plotinus hem de taak had toevertrouwd zijn werken uit te geven en te verspreiden, haastte Porphyrius zich terug naar Rome, nam het bestuur van de school op zich en organiseerde de verzamelde geschriften van zijn meester in de prachtige Enneaden. Hij was nu zelf leraar geworden en presenteerde in zijn 'Sententiae' bepalingen van de voornaamste stellingen van de neoplatonische beweging. Hij schreef een schitterende geschiedenis van de wijsbegeerte, die twee eeuwen lang het tekstboek van de filosofische studies werd.

De levensbeschrijvingen van Pythagoras en Plotinus uitgezonderd, viel zijn geschiedenis van de wijsbegeerte hetzelfde lot ten deel.
In zijn 'Isagoge', een commentaar op de 'Categorieën' van Aristoteles, scheidde hij de logica van de metafysica. Daardoor maakte hij het mogelijk, zelfs in de dagen van religieus dogmatisme, metafysische stellingen te onderzoeken (in plaats van gewoon te geloven) en stelde de vragen die het eeuwenlange debat over het probleem van de 'universele waarheden' opnieuw deden oprijzen.

Op een later tijdstip van zijn leven stierf een van zijn vrienden. De echtgenote, de filosofe Marcella, bleef achter met vele jonge kinderen. Porphyrius schreef haar om haar in haar toewijding tot de wijsbegeerte aan te moedigen en hoewel hij zelf de ongehuwde staat verkoos, trouwde hij toch met haar opdat zij beschermd zou zijn en haar kinderen een pythagorische opvoeding zouden krijgen. Hierin volgde hij het gebruik van de Essenen, die hij bewonderde en over wie hij schreef:

Zij verachten het huwelijk, maar aanvaarden de kinderen van anderen en brengen hun in hun prille jeugd de disciplines bij die er hun levensgezellen van maken.

De eigen jeugd van Porphyrius, zijn levenservaringen en zijn filosofische overpeinzingen hadden hem ervan overtuigd dat vele klassen van zichtbare en onzichtbare wezens het universum vulden, maar hij waarschuwde tegen bijgeloof, aanbidding van demonen en thaumaturgie. Pas toen Jamblichus hem aantoonde dat de wortel van het oude Egyptische en Chaldeeuwse esoterisme de ware theürgie of geestelijke transformatie bevatte, kon hij zich met de magische zijde van het neoplatonisme verzoenen.

Tegen het einde van zijn leven, rond 306, had Porphyrius een zo sterke basis aan de plotiniaanse traditie verschaft, dat Eunapius op het einde van de vierde eeuw kon schrijven: "de werken van Plotinus zijn onder welopgevoede burgers meer verspreid dan die van Plato zelf."

Plotinus werd om zijn leringen vereerd, en de verdienste van Porphyrius de gedachten van zijn leraar te hebben verduidelijkt, werd ten volle erkend, "alsof Hermes een keten voor de verlossing van de mens had neergelaten." Tijdens zijn leven en na zijn dood waren de christelijke schrijvers zijn onverzoenlijke vijanden en toch prezen zij het hoogstaand karakter van zijn denken en leven.

Voor Augustinus van Hippo was hij ’de edele wijsgeer’; voor Eusebius 'de wonderbare theoloog’ en ’de grote profeet’; en voor Simplicius ’de meest geleerde onder de filosofen’.

In de filosofie van Porphyrius staat de aandacht voor de ethica centraal. In de 'Sententiae’ stelde hij dat de drie hypostasen - het Ene, het Intellect of de Goddelijke Gedachte, en de Ziel - niet lokaliseerbaar zijn en niet onderworpen aan specifieke voorwaarden. Het zuiver intelligibele Zijn is noch hier noch daar. Er een plaats aan te geven of het in direct verband met iets te brengen staat gelijk aan het te verkleinen.

Wanneer zelfkennis deel wordt van het individuele bewustzijn gaat zij verloren, wordt de persoon van zijn eigen wezen vervreemd en blijft verwarring en zelfbegoocheling over. (1) Het Zijn kan echter slechts in schijn verminderd worden en het ware filosofische leven bestaat in het voortdurend pogen de illusie van afgescheidenheid van het Ene of het essentiële Zelf te overwinnen. Vereniging met het Ene is mogelijk door zelfdiscipline, eerst door in gedachten en daden een leven te leiden dat ermee in harmonie is en verder door zelf-bewustzijn en zelf-kennis, die uiteindelijk tot de realisatie van het Zelf leiden. (2)

De deugden zijn vermogens van de verknechte ziel, opgeroepen om het web van illusies, waardoor zij wordt gebonden, weg te snijden. Deugden zijn aldus verschillend in soort en dienen tot verschillende doeleinden op de weg terug naar onze eigen natuur. 'Politieke' of burgerlijke deugden versterken matigheid en bevrijden ons van al te grote gehechtheid aan het lichaam, de meest concrete expressie van een metafysisch verkeerd besef van afgescheidenheid.

' Cathartische' of louterende deugden bevrijden de ziel van iedere vorm van gehechtheid en laten haar toe zich op natuurlijke wijze naar het Goede te wenden, wat ook voor haarzelf het goede is . 'Contemplatieve' of theoretische deugden zijn de ontwakende intellectuele energieën van de ziel en 'paradigmatische' of archetypische deugden zijn die van de Goddelijke Gedachte of het Intellect, waarnaar het individuele intellect opkijkt als naar modellen. Zij die het ernstig menen met het filosofische leven en de geestelijke belofte die het inhoudt zullen het meest begaan zijn met de louterende deugden, want indien deze in dit leven worden beoefend, zullen de overige als vanzelf in een ander bestaan volgen.

Aangezien illusie ontstaat wanneer eigenschappen van het lichamelijke worden toegeschreven aan het niet-lichamelijke Zijn, is loutering de eerste voorwaarde voor zelfkennis.

Wij moeten ons daarom ontdoen van onze menigvuldige gewaden, zowel van de zichtbare en vleselijke bekleedsels als van die waarmee we innerlijk zijn omhuld en die als het ware vlak onder onze huid liggen; wij moeten het stadion der Olympische Spelen van de ziel naakt binnengaan.

Het verzuim de deugden te ontwikkelen kan een verdere vermindering van ons wezen teweegbrengen, wat allegorisch te vergelijken is met reïncarnatie in symbolisch geschikte dierlijke vormen. Porphyrius laat echter met uiterste zorg opmerken dat er wel een diepgaande overeenkomst is tussen menselijke en dierlijke zielen -beide staan immers in verband met de derde hypostase- maar dat menselijke zielen tot intellectuele ontwaking zijn gekomen en niet naar de dierlijke toestand kunnen teruggaan.

De mens echter die voorzichtig is, bedacht tegen de betoveringen van de natuur, die de essentiële eigenschappen van het lichaam overzien heeft en weet dat het werd aangepast om een instrument van de ziel te zijn, zal eveneens beseffen dat de hartstocht steeds klaarstaat om, of we het willen of niet, met het lichaam een verbond aan te gaan zodra iets het van buitenaf treft en de zo veroorzaakte trillingen tot de waarneming doordringen. Want waarneming is als het ware een antwoord op dat wat de waarneming veroorzaakt.
Maar de ziel kan niet antwoorden, tenzij zij zich helemaal tot het geluid zelf bekeert en haar kritische blik op de trilling werpt. Kortom, het irrationele deel is niet bekwaam te oordelen in hoeverre, hoe, waarom en wat het voorwerp van de aandacht zou moeten zijn, daar het zelf onbezonnen is.
Het is als een stel paarden zonder wagenmenner: hier gaat het bergaf, daar opzij, het bezit het vermogen niet zichzelf te besturen te midden van de dingen die tot het uiterlijke behoren. Het kent ook niet de gepaste tijd, of de maat van het voedsel dat nodig is, tenzij het oog van de wagenmenner er zich op richt en de irrationele bewegingen beheerst.

Zonder hem is dit deel van de ziel essentieel blind. En hij die de rede toestaat haar meesterschap over het irrationele op te geven en zich erdoor te laten meevoeren, het de vrije teugel te geven, zo iemand geeft zich over aan begeerte en aan toorn en laat de paarden gaan waar zij willen. De waardige mens zal daarentegen zo handelen dat zijn daden met de leidende rede overeenstemmen, en dit zelfs wat de energieën van het irrationele deel betreft.

In 'De antro nympharum' -De grot van de nimfen - leerde Porphyrius dat alle authentieke mythen, zoals de beschrijving die Homerus geeft van de Nimfengrot te Ithaca, rijke allegorische mijnen van antieke wijsheid zijn en identiek met de ware filosofie. De juiste interpretatie openbaart de betekenis die in de mythe verscholen ligt en voegt er niet aan toe, want de mythen laten eeuwige waarheden doorschemeren binnen het kader van de plaatselijke ruimte en tijd. De mythe kan de moeilijkheid vermijden de waarheden van een niet-lichamelijk gebied uit te drukken in de taal van het concrete bestaan.

Zoals men over de slaap slechts kan spreken in de taal van het wakend bestaan maar hem slechts kan kennen door ervaring, zo kan het inzicht van de extatische meditatie alleen maar worden uitgedrukt in een taal van gewone, zintuigelijke en intellectuele ervaring, maar om de waarheid van dat inzicht te kennen of te weten moet men het zelf beleven. De mythe bouwt een brug van begrip tussen deze verschillende gebieden zonder de bestudeerder met een woordenvloed te misleiden.

Toen Firmus Castricius, een discipel van Plotinus en metgezel van Porphyrius, zijn vegetarisch dieet opgaf, schreef Porphyrius zijn 'De abstinentia', om hem van alle soorten dierenslachting af te brengen. Hij herinnerde aan de morele hervormingen van Apollonius van Tyana en Plotinus en betoogde dat, hoewel het vegetarisch dieet voor sommige naturen ongeschikt zou kunnen zijn, het van kapitale waarde was voor iemand die op het geestelijk pad stond: de vitale en psychische energieën van het genuttigde dieet zouden de gehele aard van de verbruiker beïnvloeden.

Abstinentie ingegeven door eerbied voor het leven van de dieren zet ons aan tot groter respect voor het menselijk leven, en men moet toegeven dat de inferioriteit van denken en voelen in dieren niet de totale afwezigheid van die vermogens betekent.
Zoals Carneades (3) beweerde, moet het natuurlijk doeleinde van het bestaan van een wezen een voordeel zijn voor dat betreffende wezen en niet voor een ander. Een vegetarisch dieet is een voorbeeld van de ontwikkeling der louterende deugden en een navolging van het oorspronkelijke 'gouden ras' van geestelijk ontwaakte mannen en vrouwen.

Want wie zal niet inzien dat de rechtvaardigheid door abstinentie wordt gediend en gesterkt. Hij die zich onthoudt van alles dat bezield is, en zelfs als hij zich ook onthoudt van dieren die niet tot de waarde van de samenleving bijdragen, zal veel meer opletten om de leden van zijn eigen soort niet te kwetsen.

Offers van dieren werden in de tijd van Porphyrius gebruikt om het eten van vlees te rechtvaardigen. Zoals Apollonius veroordeelde Porphyrius deze gewoonte en liet opmerken dat de oudste offeranden bestonden uit vruchten, koeken en wierook. En hij bepaalt de aard van de filosofische offerande:

Voor de goden is het meest uitmuntende offer inderdaad dat van een zuiver intellect en een tot rust gekomen ziel.