Hoewel Plato's leerling Aristoteles reeds lang tevoren het Lyceum had opgericht, een mededinger voor de Academie en een haard van verzet tegen de pythagorische elementen in de leringen van Plato, waren het de Middelste en de Nieuwe Academie die de oude leringen opgaven en ze vervingen door een vorm van Grieks wijsgerig scepticisme. Argument en redenering, vroeger louter hulpmiddelen bij het zoeken naar het filosofische leven, werden nu doel op zichzelf. Zij die zich als erfgenamen van Plato beschouwden, hadden zijn leringen vrijwel helemaal prijsgegeven.

In de eerste eeuw voor Christus bleef Athene nog wel een intellectueel centrum, maar zijn sociale en politieke rol werd door andere steden overschaduwd, en zijn wijsgeren waren niet meer in staat tot origineel denken of tot uitstraling buiten Griekenland. De fakkel van de creativiteit werd overgenomen door Alexandrië, waar een andere Academie verrees die haar moeder zou overleven en in glans overtreffen.

Alexandrië was het brandpunt van de wereld rond de Middellandse Zee geworden, de ontmoetingsplaats voor Romeinen, Grieken, joden, Egyptenaren, Nubiërs, Perzen, Indiërs, en vele anderen. Een intense religieuze en intellectuele kruisbestuiving gaf aanleiding tot talloze onderling twistende partijen en kortstondige groepen, maar verschafte ook de arena waaruit diepzinnig geestelijk en wijsgerig inzicht zou oprijzen.

Hoewel de wereldberoemde bibliotheek ten tijde van Cleopatra door de soldaten van Julius Caesar gedeeltelijk werd vernield, bleef zij een centrum waar de geleerden aanmoediging vonden om wijsgerige stelsels te onderzoeken. Religieuze ideeën uit het Oosten stimuleerden er een terugkeer tot de zuivere oorspronkelijke gedachte van Pythagoras en Plato. Volgens Cicero riep Publius Nigidius Figulus in de eerste eeuw v.C. op tot hernieuwing van de pythagorische leer. Tegen de tijd van keizer Augustus bleek dat Juba II, Koning van Libië, zoveel belangstelling toonde voor Pythagoras dat hem allerlei vervalsingen werden aangeboden.

Anderzijds was Apollonius van Tyana zo'n volmaakt voorbeeld van het pythagorische leven dat hij wijd en zijd werd erkend en geëerd om zijn intuïtief begrip van de leringen van zijn meester.

Belangstelling voor Pythagoras leidde natuurlijk tot een hernieuwde interesse voor de leringen van Plato. Omstreeks 25 v.C. schreef Eudorus van Alexandrië commentaren op de 'Timaeus', en Thrasyllus, een magiër volgens de Chaldeeuwse traditie en astroloog van keizer Tiberius, ordende de platonische dialogen zodanig dat Plato's gedachtegang voor de lezer werd ontvouwd. Theon van Smyrna werkte Plato's mathematische leringen uit in een verhandeling die nu nog bestaat. Claudius Galenus, de beroemde Galenus van de geneeskunde, bestudeerde de platonische filosofie tot in de kleinste bijzonderheden. Celsus, die tegen Origenes de waarheid en de bronnen van de christelijke orthodoxie betwistte, was openlijk platonist.
Numenius van Apamea verenigde de leringen van Pythagoras en Plato en beweerde dat hun wijsheid oorspronkelijk uit het Oosten gekomen was.

Alexandrië was ontvankelijk voor ideeën die in het Oosten bewaard waren gebleven; het bracht een filosofisch gegronde belangstelling op voor de zuivere leringen van de pythagorisch-platonische traditie; het erkende dat waarheden beleefd moeten worden om ten volle begrepen te zijn. Het werd daarom de bodem waarin de leringen van de Wijsheidsreligie opnieuw konden ontkiemen en groeien. Wat het nodig had, was een leraar die universele ideeën kon weergeven in een begrijpelijke, algemeen aanvaarde taal en die leerlingen kon opleiden, behept met voldoende inzicht en toewijding om deze ideeën uit elke traditie naar voren te halen.

De verbinding van deze twee verschafte aan zijn begrip van Plato en zijn waardering voor Pythagoras zo’n helderheid en overtuigings-kracht dat hij algemeen erkend werd als de stichter van het neoplatonisme. Deze beweging zou de Alexandrijnse en Atheense Academies op den duur nieuw leven inblazen en hun leerlingen aanmoedigen tot het beleven zowel als bespreken van de filosofische houding.

Na zich een hele tijd voor studie en meditatie te hebben teruggetrokken, opende Ammonius in 193 een school voor studie van de wijsbegeerte te Alexandrië. Hij onderwees mondeling en weigerde beslist zijn leringen in geschreven vorm vast te leggen. Porphyrius schreef dat "Herennius, Origenes en Plotinus er zich onderling toe verbonden de leer van Ammonius niet openbaar te maken, maar dat Origenes en Plotinus meenden zich niet langer aan deze overeenkomst te hoeven houden, omdat Herennius de belofte verbroken had.”

Hoe dan ook, Ammonius had een innerlijke kring waartoe deze drie behoorden. De mededelingen van Herennius zijn voor de geschiedenis verloren gegaan, maar Origenes en Plotinus gaven veel door van wat Ammonius hun had geleerd; het was echter versluierd in de taal van hun eigen gedachten. Beiden respecteerden de mysteriën.

Clemens Alexandrinus, die voor Ammonius bewondering koesterde, was er zich goed van bewust dat er in het vroege christendom een esoterische school bestond, want hij was er lid van en het is waarschijnlijk dat Origenes even goed was geïnformeerd. Volgens het getuigenis van Porphyrius kende Plotinus de betekenis van de mysteriën rechtstreeks, door de verlichting van zijn eigen extases.

De details van de leringen van Ammonius mogen dan al onbekend zijn, maar het feit dat hij uit verschillende scholen van denken zulke toegewijde leerlingen aantrok, bewijst dat zijn leer universeel genoeg was om aan een ruime verscheidenheid van formuleringen onderdak te verlenen.

Zijn leer begon met de stelling dat de Godheid een absoluut principe is, uiteraard transcendent, onbeschrijfelijk en onbegrijpelijk.

Nemesius van Emesa schreef dat Ammonius uit deze grondstelling afleidde dat de menselijke ziel een onsterfelijke uitstraling van de universele ziel is, de Aether, dat zij er in essentie identiek mee is en daarom onvergankelijk. Indien de ziel onsterfelijk is en van goddelijke oorsprong, dan is 'theürgie' mogelijk, d.i. het goddelijk werk, de kunst van de totale transformatie van het zelf en van de hogere herschikking van alle ervaring.

Hij leerde zijn discipelen nooit de exoterische en bijgelovige vormen van de verscheidene goden te aanbidden, maar naar de 'hyponia', of de 'verborgen betekenis' van deze goden te zoeken. Zijn leerlingen werden later analogetici genoemd omdat hij stelde dat alle heilige legenden, mythen en mysteriën moesten begrepen worden in het licht van het principe van analogie en overeenkomst, hetgeen betekent dat alle uiterlijke gebeurtenissen innerlijke processen en handelingen van de ziel vertegenwoordigen.

Dit eclecticisme, door Diogenes Laërtius teruggevoerd tot de Ptolemeische Pot-Ammon, vormde voor Ammonius Saccas de spil van het streven naar de universele goddelijke wijsheid van de antieken, de 'Theosophia'.

Door de toepassing van deze principes probeerde Ammonius bijvoorbeeld aan te tonen dat de filosofieën van Plato en Aristoteles met elkaar in harmonie konden worden gebracht, indien men ze maar juist begreep, en dat de christelijke leer als een authentieke expressie van de eeuwige wijsheid kon worden gezien, indien men het Evangelie van Johannes als haar filosofische grondslag beschouwde.

Hij leerde dat Jezus een uitmuntend mens en een 'vriend van God' was, die probeerde de oerwijsheid van de antieken opnieuw in te stellen, of haar tot haar oorspronkelijke integriteit te restaureren, door de populaire religie te zuiveren van waanbeelden, leugens en bijgeloof, en door de wijsgerige beginselen uiteen te zetten die voor een leven van toewijding onmisbaar zijn.

Voor Ammonius was sektarisme het product van bijgeloof en menselijke zwakheid. Iemand die het filosofisch type van leven niet toepast zal filosofie en religie onveranderlijk bederven door ze persoonlijk en materialistisch te maken.

De school van Ammonius lag buiten de modieuze kringen van zijn tijd. Steeds weer voelden nieuwe leerlingen zich tot hem aangetrokken omdat zij de leringen van anderen steriel vonden; de bedoeling was dan dat ieder van hen bij hem zou studeren en daarna tot de wereld zou terugkeren om zo goed mogelijk en volgens eigen begrip het geleerde in praktijk te brengen.
Deze school telde drie graden -neofieten, ingewijden en meesters - allen door geloften en eden verplicht de leringen van hun graad geheim te houden. De regels van de school waren afgeleid van de Orfische mysteriën, die volgens Herodotus uit Indië stamden.

Onder de belangrijke discipelen van Ammonius was er ook nog Origenes Adamantius, de christen, die later het hoofd van de catechetische school in Alexandrië werd en zich in de wereld rond de Middellandse Zee de onderscheiding verwierf de meest bekwame woordvoerder van het nieuwe geloof te zijn. Zijn uitgebreide allegorische en spirituele commentaren op de teksten van het Oude en het Nieuwe Testament gaven de aanzet tot een drievoudige verklaring van de Schrift -de letterlijke, de symbolische en de spirituele- die grote invloed uitoefende op bepaalde denkers van de Renaissance, zoals Pico della Mirandola.

Origenes onderwees ook een leer van reïncarnatie en van volmaakbaarheid door zelfuitgedachte middelen en pogingen.
De Kerk verzocht hem de geschriften van Celsus te weerleggen, ook een lid van de school van Ammonius. Celsus had aangetoond dat de oorspronkelijke en zuivere vormen van het christendom in de leringen van Plato te vinden waren. Hij had het populaire christendom er ook van beschuldigd de meer bijgelovige elementen uit de heidense gedachte te hebben aanvaard en verkeerd begrepen passages uit de sibillijnse boeken op te nemen. Origenes slaagde er wel in Celsus rijkelijk te citeren, maar deed verder weinig om hem te weerleggen, zodat de Kerk tegen de vijfde eeuw geen andere uitweg meer zag dan al de geschriften van Celsus te laten vernietigen.